Pada awalnya Desa Aornakan II disebut Desa Aornakan yang didirikan oleh 3 (tiga empung) Bersaudara, masing-masing kakak beradik yang sering disebut dengan Manik Kuta Tao, Manik Kite Papan, Manik Ari Tutun dan ketika mereka berpisah yang satu tinggal di Desa Aornakn II yaitu Manik Kuta Tao, yang kedua tinggal di Desa Aornakan I yaitu Manik Kite papan dan Manik Ari Tutun tetap bergandengan dengan Manik Kite Papan oleh karena itu keberadaan Manik Ari Tutun sampai sekarang tetap berada di Desa Aornakan I . adapun nama Aornakan tersebut pada awalnya Desa Aornakan salah satu penghasil padi yang terbanyak di Kecamatan Salak sebelum berdirinya Kecamatan Pergetteng getteng Sengkut inilah sebagai alasan Aornakan menjadi nama Desa kami dan karena adanya pemekaran Desa di Kecamatan Pergetteng getteng Sengkut Aornakan dibagi menjadi 2 Desa, yaitu Desa aornakan I dan Desa Aornakan II, Tertuang pada Peraturan Daerah Kabupaten Pakpak Bharat Nomor 22 Tahun 2006 Tentang Pembentukan Desa Aornakan II Kecamatan Pergetteng Getteng Sengkut.

Kondisi Geografis Desa
1. Geografis
Secara Geografis dan secara administratif Desa Aornakan II merupakan salah satu dari lima Desa di Kecamatan Pergetteng getteng Sengkut Kabupaten Pakpak Bharat Provinsi Sumatera Utara, yang terdiri dari 3 Dusun, yaitu : Dusun I Sigelanggang, Dusun II Sipat, Dusun III Kuta tao, yang memiliki luas Wilayah ± 1.500 Ha. Posisi Desa Aornakan II Berada di Tengah Kecamatan yang Berbatasan Langsung Sebagai Berikut:
Sebelah Utara,   berbatasan dengan Lae Penjaratan/Desa Kecupak II
Sebelah Timur,     berbatasan dengan Lae Alngit/Desa Salak I
Sebelah Selatan,   berbatasan dengaan Lae singgah Kuale/Desa Aornakan I
Sebelah Barat,     berbatasan dengan Lae Barbaren/Desa Simerpara.

Luas wilayah Desa Aornakan II adalah ± 1.500 Ha yang sebagian besar merupakan lahan perladangan, persawahan, dan hutan.Hal ini lah yang menjadi potensi utama di desa sehingga Mata pencaharian pokok sebagian besar penduduk adalah bertani/berkebun.
Letak Desa Aornakan II akan menjadi sangat strategis karena adanya peningkatan jalan provinsi penghubung antara Kabupaten Pakpak Bharat dan Kabupaten Aceh Singkil. Hal ini membuat potensi di bidang perdagangan sangat berpeluang tumbuh pesat.
  Sebagian dari wilayah Desa Aornakan II adalah Hutan, baik hutan Produksi dan Hutan Cagar Alam.