Desa Mungkur disebut sebagai Desa sejak tahun 1942 sebelumnya Desa Mungkur disebut dengan nama  Lebbuh (tempat tinggal beberapa anggota rumah tangga disuatu wilayah). Terjadinya nama Mungkur disebut berdasarkan cerita orang tua yang menemukan sebatang pohon Rimo Mungkur (jeruk purut) yang sangat besar disekitar wilayah lebuh tersebut. Awalnya Desa Mungkur terdapat beberapa lebuh antara lain : Lebuh Mungkur, Lebuh Janji Meriah, Lebuh Parikkar, Lebuh Kuta Gedung dan Lebbuh Sikak. Akhirnya penemuan tersebut nenek moyang kami mempunyai keinginan dan menjadi sepakat bersama menyebut nama tersebut nama Desa itu menjadi  Mungkur  , setelah Desa Mungkur sah menjadi Desa defenitif pada tahun 1948 dengan jumlah Penduduk 25 KK terdiri dari empat dusun yaitu : Dusun Mungkur, Dusun Simberuna, Dusun Dos Ate dan Dusun Mersada, dan menjadi ibu kota desa adalah Dusun Mungkur.

Desa Mungkur adalah salah satu Desa yang berada di wilayah Pemerintahan Kecamatan Siempat Rube Kabupaten Pakpak Bharat yang terletak di dataran tinggi sekitar 800 s/d 1400 M dari permukaan laut dengan suhu rata 20 s/d 24 c dengan curah hujan rata-rata 8 s/d 12 mm/ meter.

Luas wilayah 30.000 Ha dengan batas- batas sebagai berikut :

• Sebelah utara berbatas dengan Desa Kuta Jungak;
• Sebelah Selatan berbatas dengan Desa Siempat Rube II dan Desa Siempat Rube IV;
• Sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Dairi;
• Sebelah Barat berbatasan dengan Desa Siempat Rube I.